Беда джумлы — адово ужасные сторонние расширения — сплошной говнокодище и эвересты багов (про удобство вообще речи не идет) даже в топовых и популярных расширениях. Проблема у джумлы и с юзабилити админки, особенно в 3-й версии (бутстрап хорош, но его еще и правильно применять надо). Обновления движка и расширений сделаны через жопу, встроенная мультиязычность в 2.5 и 3.0 сделана разработчиками явно в невменяемом состоянии, тот же джумфиш был куда логичнее, хотя тоже гавно. Нет механизма хуков, что очень усложняет разработку и внедрение неординарного функционала, и т.д. и т.п.